Калининградский филиал ГЦСИ – единственная организация в Калининградской области, непосредственно работающая в пространстве актуального искусства. Целью ее создания является осуществление государственной культурной политики по современному искусству через выставочную, собирательскую, информационную, просветительскую и исследовательскую деятельность в стране и за рубежом.
Особое внимание в своей институциональной деятельности филиал уделяет уникальным стратегиям художников и кураторов, их востребованности и продвижению в современном обществе, а также предоставляет возможность зрителю ориентироваться в современном художественном процессе.
В настоящее время при финансовой поддержке Министерства культуры Российской Федерации идет реконструкция и реставрация башни и части мансардных помещений казармы «Кронпринц» памятника истории и культуры XIX века, полученных ГЦСИ в оперативное управление для создания государственного музея современного искусства в Калининграде.
Открытие выставочного пространства на мансарде (1445 кв. метров) планируется на 2011 год, окончание работ на башне «Кронпринц» (около 4000 кв. метров) намечено на 2014 год.
Основные программы КФ ГЦСИ включают: «Наследие в актуальном контексте», «Современное искусство и современное общество», «Современная архитектура, пространственное развитие и дизайн среды», «Искусство и наука в эпоху постбиологии», «Звук и видео: feed back», выставочную программу «На мансарде», программу «Художник в резиденции», образовательную программу «Арт-классики» (в том числе детско-юношеская студия цифрового искусства), издательскую программу «рН».
Проекты КФ ГЦСИ неоднократно входили в шорт-лист Ежегодной российской премии в области современного искусства «Инновация» (Москва): «9000 км» (куратор: Евгений Уманский); «Арт-гид. Кёнигсберг/Калининград сегодня» (куратор: Елена Цветаева); видеоинсталляция Юрия Васильева «Отец наш» (кураторы: Елена Цветаева, Евгений Уманский); социо-культурный проект «Художник и оружие» (куратор: Евгений Уманский). В 2009 году проект «Эволюция от кутюр. Искусство и наука в эпоху постбиологии» (кураторы: Дмитрий Булатов, Олег Блябляс) стал победителем в номинации «Региональный проект современного искусства» премии «Инновация».
В 2005 году видеоинсталляция Юрия Васильева «Роща» (Russian Red project, куратор: Евгений Уманский) выиграла конкурс «Меняющийся музей в меняющемся мире» на лучшее воплощение образа России.